Valitettavasti monet sisäilmaongelmia aiheuttavat tekijät ovat aistein havaitsemattomia. Laajalle levinnyt homeongelma ei välttämättä näy lainkaan ulospäin tai haise. Sisäilmaongelmien aiheuttajat, kuten homeet, eivät myöskään ole koko ajan aktiivisia. Epäilyksen sisäilmaongelmasta voi synnyttääkin henkilön oireilu, mikäli se liittyy tiettyyn tilaan tai rakennukseen ja helpottuu muualla oleskeltaessa. Sisäilmaongelmiin liittyviä oireita on lukematon määrä. Tyypillisiä ovat erilaiset allergiaoireet kuten nenän ja kurkun ärsytysoireet, silmien ja ihon ärsytys, korvatulehdukset, päänsärky, huimaus, pahoinvointi, epämääräinen väsymys ja usein toistuvat hengitystieinfektiot. Pidemmälle kehittyessään altistus voi johtaa allergioihin ja kroonisiin hengityselinten sairauksiin, kuten astmaan. Ihmisten kokemat sisäilmaoireet vaihtelevat suuresti. Osa ei saa samoissa tiloissa minkäänlaisia oireita, kun taas herkimmät oireilevat ja sairastuvat. Tällöin rakennuksen tutkiminen on ensisijaista sisäilmassa olevien haittatekijöiden tunnistamisessa.
Yksittäinen oire ei osoita, että syy on haittatekijä sisäilmassa, sillä oireita eivät aiheuta pelkästään home- tai kosteusvauriot. Oireita voivat aiheuttaa esimerkiksi epäpuhtaudet, kuten erilaisista eristeistä tai akustiikkalevyistä ilmaan irronneet kuidut, sisäilman lämpötila ja sisustus- ja rakennusmateriaaleissa käytetyt voc-yhdisteet. Voc-yhdisteitä eli haihtuvia orgaanisia yhdisteitä voi päästä sisäilmaan esimerkiksi silloin, kun muovimatto on asennettu kostean betonin päälle. Tuolloin liima-aine alkaa pilaantua ja yhdisteitä pääsee vapautumaan. Sisäilmaan liittyvät monimuotoiset oireet voivat myös olla nk. ympäristöherkkyyttä ja silloin oireet eivät liity pelkästään tiettyyn tilaan vaan niitä ilmenee myös muulloin.